Para pdf,s recalcitantes, de esos que Calibre no deja del todo bien (justificaciones raras, espacios, letras, etc..) probad Mobipocket. Ésta aplicación convierte todo a formato para el Kindle, creo que a los modernos ya no les vale, no estoy muy seguro, pero para nuestro caso sí. Una vez convertido el pdf a "Kindle" (símplemente arrastrándolo a la pantalla de al aplicación) el resultante lo puedo convertir a epub con Calibre, y vereis que sí, que la cosa cambia.
No sé si servirá para este caso, pero quizá le sea útil a alguien si no...