Si en la camara se te iluminan varios puntos de enfoque, imagino que se trata de que todos esos puntos que te marca quedan dentro de la profundidad de campo con la que se va a realizar la foto, es decir, todos ellos saldran enfocados. Segun como tuvieses configurada la camara, la profundidad de campo la habra elegido esta, o bien ira en relacion a la apertura que tuvieses seleccionada.
Si la apertura la tienes en manual y la seleccionas tu, te dara igual utilizar el enfoque automatico o manual, en cambio si esta en automatico, quiza la camara la cambie para conseguir mayor o menor profundidad de campo segun evalue la imagen que tiene delante.
En mi caso suelo tenerla en manual. Supongo que a veces uno se cansa de cambiar foto tras foto el punto en el que quieres que enfoque, tambien es que en mi caso con la Eos 350D me resultaba algo incomoda la posicion de los botones necesarios para la operacion, pero se que con otras camaras es coser y cantar. Otro tema que ya te comentan ahi arriba es el reencuadre, muchas veces ningun punto de enfoque de la camara casa con el objeto o parte de la imagen que quieres que salga enfocada, si la situas donde quieres que quede al tomar la foto. En estos casos lo que toca es colocar el objeto en uno de los puntos de enfoque de la camara, enfocar, y entonces volver a mover la camara hasta tener el encuadre que te guste. Esto esta bien... pero puede darte algunos problemas:
Si la profundidad de campo es muy pequeña, una apertura muy grande, a veces con poquito que muevas la camara el objeto que querias que quedase enfocado habra salido de la profundidad de campo, muy buen ejemplo es la fotografia macro como dice Rafa Espada.
Vamos, que tener la camara en automatico (segun creo yo, corrijanme) puede o no darte mayor profundidad de campo, depende de la evaluacion que la camara haga de la imagen. Si la utilizas en manual, intenta conseguir un encuadre en el que lo que quieras enfocar este en uno de los puntos de enfoque y seleccionalo, para asi evitar reencuadrar y que el objeto salga del foco.
Espero que tanto parrafp sirva de alguna ayuda