A mi parecer, viene a ser lo mismo.
Cuando formateamos la tarjeta desde la camara, se hace un formato rapido, es decir, solo se formatea la FAT, la tabla de asignaciones de ficheros, no se borran realmente los datos, solo se borra el "indice", y cuando hacemos fotos nuevas, se sobreescriben sin mas.
Al borrar las fotos, hacemos algo similar, pero de una en una, se eliminan las entradas al indice, pero los datos siguen aun ahi (de hecho, gracias a esto podemos recuperar los archivos de tarjetas borradas o formateadas, siempre que no se hayan sobreescrito.
Asi pues, personalmente recomendaria el formateo, simplemente, es muchisimo mas rapido que borrar todas las fotos y el resultado viene a ser parecido