para las tarjetas lo mejor es dar formato con la propia cámara
con los discos duros yo uso FAT32 (XP y Linux)
Te comento desde los conocimientos que tengo de Mac y Win.
FAT32 Creo que permitía como máximo archivos de 4Gb, en el caso de los discos duros, si es para fotos vale, pero si almacenas aplicaciones que por ejemplo, en Mac hay algunas que superan los 6Gb no te dejará de copiarlos ahí.
NFTS por ejemplo (por defecto en XP), en el caso de Mac, te dejará leerlo, pero no escribir en el.
Mac Os Plus es el formato de Mac por defecto, Windows no lo lee si no se le instala un pequeño software, el que conozco es de pago y funciona muy bien.
Saludos,