Hombre, yo no soy un experto en esto, pero el trabajo sobre la imagen directamente se puede decir que es destructivo, me explico, cuando haces algo, como por ejemplo tocar los niveles, lo que hagas despues se va a procesar sobre lo ya modificado, es decir, los cambios se van acumulando y tambien la perdida de calidad.
Tambien influye que si tienes todos los cambios, efectos, filtros y demas aplicados a una capa, y por lo que sea, uno de los pasos no te gusta, no puedes "deshacerlo" tan facilmente como si estuviera por capas, en cuyo caso, con eliminar la capa lo tendrias hecho.
Ya se que me explico muy mal, pero a ver si como idea te sirve.